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TaqMan®SNP基因分型技術(shù)利用Taq聚合酶的5'核酸酶活性在PCR期間產(chǎn)生熒光信號。對于每個(gè)SNP，該分析使用僅在SNP位點(diǎn)序列不同的兩種探針，一種探針與野生型等位基因互補(bǔ)，另一種與變異等位基因互補(bǔ)。該技術(shù)利用FRET技術(shù)，將5'報(bào)告基因染料和3'淬滅染料共價(jià)連接至野生型和變異等位基因探針。當(dāng)探針完好無損時(shí)，熒光會被抑制，因?yàn)榇銣缛玖衔挥趫?bào)告染料的附近。在PCR退火步驟中，探針與目標(biāo)SNP位點(diǎn)雜交。在PCR延伸過程中，由于Taq聚合酶的5'核酸酶活性，導(dǎo)致報(bào)告染料和猝滅染料被釋放，從而導(dǎo)致報(bào)告染料的特征熒光增強(qiáng)。核酸外切酶活性僅在完全雜交的探針上發(fā)生，因?yàn)楹绣e(cuò)配堿基的探針不會被Taq聚合酶識別。

在PCR反應(yīng)結(jié)束時(shí)，將測量兩種報(bào)告染料的熒光信號。信號的比率將指示樣品的基因型（見圖）。